Le sale III-IX del piano terreno e tutto il primo piano (sale XIII-XXVI) sono dedicate all'esposizione della raccolta originaria del Museo, arricchitasi fino al 1861 tramite donativi acquisti, ricerche. L'ordinamento che risale al 1877 prevede -come già indicato - una disposizione di oltre 600 urne sulla base del soggetto dei bassorilievi della cassa: motivi ornamentali (demoni, maschere, rosoni) sala IV ; animali fantastici e feroci, sala V; addio del defunto ai parenti, sala VI; viaggio agli inferi a cavallo, sala VII; con il carro coperto (carpentum), sala VIII; con la quadriga, sala IX.
Al primo piano sono esposte ancora urne con bassorilevi di argomento mitologico greco. Ciclo troiano: Cadmo che uccide il drago, Atteone sbranato dai cani, il supplizio di Dirce, Edipo e la Sfinge, i sette contro Tebe, sala XVI; Il riconoscimento di Paride per figlio di Priamo, il rapimento di Elena, Telefo nel campo dei greci, Filottete abbandonato nell'isola di Lemno, l'arrivo delle Amazzoni in aiuto di Priamo, il sacrificio dei prigionieri troiani in onore di Patroclo sala XVII; saghe ateniesi: Teseo e il Minotauro, sala XIII; il ratto delle Leucippidi, sala XIV; miti argivi: Perseo libera Andromeda, sala XIV; la vicenda di Pelope, Enomao e Ippodamia. Alcuni episodi sono tratti direttamente dall'Odissea: Ulisse e le Sirene, l'accecamento di Polifemo, la trasformazione in animali dei marinai di Ulisse, l'uccisione dei Proci, sala XVIII.
In sala XX, con un particolare risalto è esposto uno dei monumenti più significativi di tutta la collezione Il coperchio degli sposi, due anziani coniugi distesi sul letto del convivio con i volti fortemente caratterizzati, modellati in terracotta. (I sec. a.C.).
Nella sala XX al centro un altro monumento-simbolo del Museo e dell'Etruria in genere, l'ex-voto allungato di giovinetto noto come Ombra della sera. La sua grandissima fama, arricchita da leggende tanto curiose quanto false, è dovuta essenzialmente alla singolare forma di questo bronzo votivo che evoca l'ombra proiettata sul terreno dalla figura umana alla luce del tramonto e che trova singolari assonanze con opere di scultura contemporanea. Questa sua "modernità", unita allo straordinario modellato delle forme, anomale per l'allungamento innaturale della figura ma, al contempo, perfettamente proporzionate, fanno di questo bronzo uno dei capolavori della scultura etrusca del III sec. a.C..
Il primo piano del Museo che ha in tutte le sale pavimenti a mosaico provenienti da edifici di età imperiale romana di Volterra o di Segalari (Castagneto Carducci), ha altre importanti sezioni della collezione guarnacciana: il monetiere con rarissimi esemplari etruschi in oro, argento, bronzo e oltre tremila monete greche, romane repubblicane e imperiali, i bronzetti (sala XXIV), le oreficerie e le gemme (sala XXV).
Conclude la visita del primo piano la sala XXVI dedicata alla Volterra romana, nella quale sono esposti materiali provenienti dall'area urbana e da Vallebuona dove si trova il Teatro antico, splendidamente conservato del quale consigliamo la visita.
In questa sala è stata ricostruita l'iscrizione dedicatoria del Teatro fatto costruire da due personaggi della gens Caecina ai tempi di Augusto e di Tiberio.
Lungo le scale di accesso ai piani del Museo sono collocate alla parete, secondo una consuetudine del secolo scorso, moltissime epigrafi funerarie latine provenienti da Roma o dal Volterra e il suo territorio.